Fernán Santana es puesto en libertad. Pablo negocia su rendición y establece como condición el rechazo al Tratado de Extradición. Los hermanos González buscan aliados para planear un atentado contra Pablo. Topo se lleva algo del dinero que pertenece a Ramada. El gobierno se entera de las actividades de Pablo en la cárcel y envía al grupo élite a las instalaciones. Pablo ordena dos asesinatos. Los enemigos de Pablo forman una nueva organización llamada "Los Pepes" que ayuda a la policía a capturar al Buitre y a eliminar a Caín. La familia de Pablo intenta abandonar el país. Con información de Los Pepes, la policía puede localizar a Topo, y Candonga se entrega. En prisión, Peluche recibe una carta bomba que lo hiere. Pablo ofrece cooperar siempre y cuando su familia esté a salvo en otro país. La familia de Pablo deja Alemania para volver a Colombia. Un escuadrón de búsqueda rastrea una llamada que Pablo les hace.
Los guerrilleros toman el palacio de justicia y el enfrentamiento deja bajas tanto en su bando como en el de la policía. Los jueces que pretenden hacer que Pablo se enfrente a la justicia mueren o son amenazados. Marcos Hérber escapa de la policía. Estados Unidos activa el proceso de extradición para los capos del cártel, mientras Pablo inicia su contrabando de cocaína en vuelos comerciales. La Corte Suprema rechaza la extradición, y Marino descubre al informante del coronel. Yesenia, la amante de Pablo, está embarazada. Los capos del cártel hacen una declaración pública. Mientras, Pablo le ordena a Yesenia que aborte. Jorge asesina al periodista que investiga a Crisanto, mientras que Chili y Topo aguardan la oportunidad perfecta para atacar al coronel. Mientras que Pablo y sus hombres celebran la muerte del coronel, Jorge teme por su vida. Pablo se muestra muy molesto con el mayor Aristides cuando llega a su casa con una orden de inspección. Después de una orden de Pablo, la vida de Guillermo corre peligro.
Marino hace planes para escapar con Yesenia. El cártel de Cali organiza un atentado contra Pablo. El ministro de Justicia recibe las órdenes para extraditar a los hermanos Motoa. El cártel de Cali organiza un ataque a la casa de Pablo, y es su familia quien sufre las consecuencias. Pablo ordena el secuestro de alguien que proviene de una familia influyente en la política. Patricia se cansa de vivir con incertidumbre. El procurador general es utilizado para presionar al gobierno sobre la extradición, mientras que Andrés Pastrana es puesto en libertad. El senador Santorini, aliado de Pablo, apoya la ley que está ante el Congreso para prohibir la extradición. Pablo ordena una venganza cuando el Congreso no aprueba la ley que prohíbe la extradición. Pablo y el Mariachi planean el asesinato de Galán. Mientras tanto, el magistrado Garcés Bernal está en la mira de Pablo. El coronel Quintana deja a sus guardaespaldas para despistar al enemigo. Pablo y sus hombres elaboran un plan para asesinar a Galán.
Pablo se preocupa por la situación entre Chili y Marcos. El cártel de Medellín asesina a una importante figura de los medios de comunicación, y Marcos celebra la noticia. La nación se encuentra devastada tras el último golpe del cártel. La Corte Suprema rechaza el Tratado de Extradición una vez más. Pablo cambia de parecer sobre cómo proceder con Marcos, mientras que sus hombres amenazan a Crisanto. Después de una traición de Pablo, se logra la primera extradición de un narcotraficante a los Estados Unidos. El coronel Pedregal le informa a Pablo sobre un operativo, quien rápidamente debe organizar una huida. Pablo ordena el asesinato de los hombres que se enfrentaron a Gildardo. Mauricio, uno de los socios, está en búsqueda de su amigo. Pablo ordena el asesinato de Mauricio después del problema con Hernán. El cártel de Medellín le declara la guerra al cártel de Cali. Mientras que el cártel de Cali se prepara para atacar a Pablo, él descubre la relación entre Marino y Yesenia. El cártel se preocupa ante la posibilidad de la extradición de Pedro.
Inician los comicios electorales y tanto Pablo como Galán esperan los resultados, pero Escobar ya contempla su siguiente paso. Pablo toma posesión de su cargo. Rodrigo Lara es el nuevo ministro de justicia y utiliza su puesto para hacer una declaración sobre el narcotráfico. El Espectador publica evidencia que vincula a Pablo con el narcotráfico. Rodrigo es acusado de estar relacionado con la mafia. Pablo renuncia a su escaño en el congreso y ordena el asesinato de Rodrigo. La policía nacional destruye un gran laboratorio de cocaína en la selva. Después de ordenar un asesinato, Pablo busca dónde refugiarse de la persecución policiaca. El coronel Jiménez se entera de quiénes estuvieron detrás del asesinato de Rodrigo y los busca por todo Medellín. La familia de Pablo sale de Colombia. Pablo y otros miembros de la organización buscan refugio fuera de Colombia mientras la policía los busca. Pablo asegura su protección al sobornar a miembros de la policía. Un piloto que trabaja para el cártel tiene información para la DEA.
Pablo demostró su habilidad para los negocios desde que era niño. Como adulto, trabaja con un hombre que lo introduce al narcotráfico. Un vecino de Pablo atestigua un robo bancario y reconoce a los ladrones. Pablo comienza el tráfico de cocaína y compra un lugar para producirla. Pablo y Gonzalo son encarcelados por tráfico de drogas. Fabio se ve obligado a aceptar la relación entre su hermana, Patricia, y Pablo. Con los aviones que compró, Pablo envía drogas a Miami, donde Graciela se ocupa de la distribución. Pablo le da un regalo inolvidable a su hermano. Pablo construye la hacienda Nápoles mientras se entera del Tratado de Extradición entre Colombia y Estados Unidos. Los operativos para encontrar a Irma no tienen éxito, mientras que los líderes de la organización discuten el Tratado de Extradición. Pablo es testigo de la influencia que tienen los políticos y contempla entrar a la burocracia para adquirir más poder. Pablo inicia su campaña, pero algunos de sus socios están en desacuerdo con sus ambiciones políticas.
Las autoridades reciben una llamada que los alerta sobre un atentado contra Galán. Un enfrentamiento deja muerto a un uniformado. Pablo le revela a Gonzalo que intentó negociar con el gobierno sin lograr nada, así que ahora tomará cartas en el asunto. Después del ataque al candidato, el presidente ordena la creación de un grupo élite para capturar a los narcotraficantes. Después del atentado, Juan Manuel y Gloria le piden a César Gaviria que continúe con la labor del candidato. Pablo ordena un brutal ataque. El cártel de Medellín acuerda replicar contra cualquiera que no demuestre su apoyo. La ubicación de Pablo se revela con las visitas de María y hay un enfrentamiento con el grupo élite. Después de ser detenidos por un retén militar, la familia de Pablo no puede llegar a su cumpleaños. Pablo ordena un atentado de bomba. Pablo logra ver a su familia después de mucho tiempo sin poder reunirse con ellos. El cártel de Cali recibe información sobre la ubicación del Mariachi. Los hombres de Pablo organizan un atentado.
Después de que el grupo élite conoce la ubicación de Pablo, él y sus hombres deben huir hacia otra locación secreta. Pablo, en pie de guerra ante el gobierno, planta varias bombas en Bogotá. César Gaviria toma posesión como presidente de Colombia. Pablo recuerda los buenos tiempos que vivió con su primo Gonzalo. El padre de los hermanos Motoa les pide que abandonen el negocio y se entreguen. Los hermanos Motoa negocian con el Gobierno, pero el presidente no accede a sus condiciones. Pablo ordena el secuestro de figuras públicas. Pablo continúa con los secuestros y libera a algunos rehenes como señal de que está dispuesto a negociar con el gobierno. El gobierno recibe información sobre la ubicación de los secuestrados. Pablo ordena matar a uno de los rehenes. Algunos de los rehenes logran escapar, pero no todos con vida. Pablo ordena la muerte del informante de la policía. Pablo aceptará rendirse si el presidente accede a sus condiciones, donde incluye una solicitud de traslado a una cárcel de Medellín.